In november 1998 belegden de toenmalige kerkvoogden een bijeenkomst met veel inwoners van het dorp Eppenhuizen (totaal aantal inwoners ongeveer 88). Er was geen geld meer voor het onderhoud van de kerk. En omdat er ook geen kerkdiensten meer werden gehouden bestond er van de zijde van de Hervormde Gemeente Zandeweer-Eppenhuizen-Garsthuizen niet langer de behoefte om voor het onderhoud van het kerkgebouw te zorgen. Unaniem waren de aanwezigen er van overtuigd dat het pand voor het aanzicht van het dorp, de omgeving en het landschap behouden moest worden. Een commissie werd opgericht om te onderzoeken wat de mogelijkheden waren. Het was de wens van de kerkvoogdij dat het pand niet in particuliere handen zou komen. Het zou dan mogelijk een handelsobject kunnen worden met onvoldoende controle op de uiterlijke staat van het pand hetgeen het aanzien van het dorp zou schaden.
Na veel en langdurig overleg in de periode na deze bijeenkomst, werd besloten het eigendom van het pand aan een stichting over te dragen. Op 7 november 2000 werd de Stichting “De Eppenhuizer Kerk” opgericht. Met als statutaire doelstelling om het gebouw, naar buiten toe, in onveranderde staat in stand houden en zo beeldbepalend te laten blijven voor het dorp, het landschap en de omgeving . De eigendomsoverdracht, tegen betaling van één euro, vond plaats op 10 december 2002. Met de bewoner werd een huurovereenkomst gesloten voor de inrichting en bewoning van het schip van de kerk.
Mede dankzij donaties van particulieren, het Prins Bernhard Cultuurfonds, de Rabobank en Landschapsbeheer Groningen en eigen financiering heeft de stichting een aantal hoogst noodzakelijke werkzaamheden aan de muren, dakruiter, klokkenstoel en ophanging van de klok en hemelwater afvoer kunnen laten uitvoeren. In 2007 vond de renovatie plaats van het kerkhof rondom de kerk en de restauratie van het baarhuisje in een gezamenlijk project van Landschapsbeheer Groningen, de Hervormde Gemeente Zandeweer-Eppenhuizen-Garsthuizen en de Stichting De Eppenhuizer Kerk.
Dankzij zelfwerkzaamheid door de leden van het bestuur is de toegang naar de kerk verbeterd en het koor van de kerk opnieuw ingericht waarin de monumentale preekstoel staat zodat deze in 2004 weer voor het publiek opengesteld kon worden. Bovendien is dit deel van de kerk zoveel mogelijk in een oorspronkelijke staat teruggebracht.